Il me semble que la grammaire favorise l'interprétation suivant laquelle "le jour où après-demain sera hier" désigne bien J+3, et mène à ce qu'aujourd'hui soit vendredi.
Mais, pour autant que je sache, un déictique comme l'est "hier", et l'est aussi "demain", a son sens fixé par l'instant de l'énonciation : linguistiquement parlant on ne peut pas dire "le jour où après-demain sera hier" : à moins de remonter dans le temps, "après-demain" ne sera jamais "hier".
Pour être correct (mais alors c'est trop facile), il faudrait ne pas utiliser de déictique et dire un truc comme : "Le jour DONT après-demain sera la veille, ce jour sera aussi loin du dimanche suivant que du jour DONT avant-hier était le LENDEMAIN".