Bonjour,
Pour les demandes d'aide, mieux vaut utiliser la mailing-list officielle du projet (cf. http://nongnu.org/eliot/ , section Contact). Cela permet d'avoir une réponse rapide...
Dans votre cas, il vous faut un peu nettoyer la liste de mots, pour neplus avoir de lettres indésirables : Eliot n'a aucun moyen de savoir que "œ" se joue en fait "oe", et il considère donc ça comme une lettre à part. Le plus simple pour contourner le problème est de faire un remplacement automatique dans le fichier (remplacer tous les "œ" par "oe").
Pour le fichier d'output, j'imagine que vous essayez de créer un fichier dans un répertoire qui n'existe pas, ou bien à un endroit où vous n'avez pas de droit en écriture.
Encore une fois, la mailing-list est le bon endroit pour recevoir de l'aide :)